تحدید مفهومیِ موضوع یا مسئله نکتة دیگری است که در استفاده درست از آیات در تفسیر موضوعی نقش مهمی دارد. 

سومین مراحل تفسیر موضوعی، استخراج و گردآوری آیات می باشد. در گردآوری آیات، استاد بر سه نکته تأکید دارند:

در این مرحله، آیات گردآوری شده مرور می شود و حد دلالت هریک بر مطلب مورد نظر تعیین و به این طریق آیات صریح، اظهر، ظاهر و احتمالی مشخص می گردد.

در این مرحله از تفسیر موضوعی، مفسر برداشت اجمالی و ابتدایی خود از هر آیه را در خصوص موضوع مورد بررسی ثبت و به تعبیر ی هر آیه را نشاندار می کند و این نشانه گذاری بر آیات پیش از بررسی تفصیلی و تفسیر کامل آنهاست .

«روش‌های تفسیری» درواقع از مبادی نخستین هر نوع پژوهش تفسیری است، یعنی مفسر در آغاز باید معلوم کند که به گونه‌ای اصولی چه مبنا (روش)ای را زیربنای استخراج مفاهیم عقلی، نقلی، علمی، کلامی، فلسفی و ... از قرآن قرار داده است، اما اهتمام و توجه مفسر به یک بعد از ابعاد معارف قرآنی و انصراف از دیگر جنبه‌ها، در مرحله بعد مطرح است، بنابراین اختلاف در گرایش‌های علمی مفسران، ربطی به روش‌های تفسیری ندارد و درواقع از اوصاف عرضی تفسیر است.